巴拿马运河管理局已经建议在扩建后的巴拿马运河投入运行时执行新的通行费的收取制度。 今后几个月巴拿马运河管理局计划提出的建议将提供一个具有竞争力的、吸引人的和用户化的，根据船型、船舶尺寸和船舶利用率（通过运河时船上实际装货量）、满载/压载通过、满载或部分满载通过运河等因素制定收费制度。巴拿马运河管理局目前正在评估通行费收取建议，该建议将包括通过新船闸通行费收取。虽然尚未公布详情，但巴拿马运河管理局的定价政策将做到：通行费的收取将建立在反映巴拿马运河提供给用户的价值上通行费的收取应体现随着时间的过去保持他们的相对价值上，并考虑到通货膨胀进行周期性的调整通行费的收取应建立在随时保持巴拿马运河航道竞争力的合理水平上。

　  一旦巴拿马运河的坚实地位得到了认可，提交的任何问题都应包括上述信息，以便通行费的收取得到适当地强调。如果建议对通行费的收取进行改革，将进行公布，正式建议为书面的。议宣布后将有一个合法的强制性的咨询过程。咨询时间至少为30天，包括接受书面建议和公开听证。在这个过程中，将给用户一个评论建议提出他们的意见的时间段。用户的意见和建议将得到仔细地考虑，在适当和可能的情况下，根据意见和建议对通行费收取进行某些调整。巴拿马运河扩建项目的预计完工日期为2015年12月份，新船闸将于2016年第一季度启用。